بدأت أعمال ترميم دير الأنبا بيشوى عقب السيل الذى ضرب محافظة البحيرة فى نهاية عام 2015م وهو من مشاريع الترميم التي تم تمويلها ذاتيًا. وقد تضمن المشروع عدة مراحل تم الانتهاء من بعضها؛ حيث تم الانتهاء من أعمال درء المخاطر التى تعرض لها الدير، كما تم ترميم كنيسة الرهبان والكنيسة الكبرى. وجدير بالذكر أنه أثناء ترميم الكنيسة الكبرى تم الكشف عن جداريات أسفل طبقات الملاط المتهالكة وتم تغليفها لحمايتها لحين الانتهاء من ترميم الجدران، كما تم الكشف عن وحدة زخرفية بالسقف الخاص بمذبح الأنبا بيشوي وجدارية أسفل طبقات الملاط ربما تمثل السيد المسيح في أحد المشاهد النادرة وقد تم ترميم هذه الرسوم قبل إزالة طبقات الملاط المتهالكة،  كما تم الكشف عن الطراز البازيليكي المميز للكنيسة أثناء إزاله الجدران المضافة للتدعيم. وفي إطار هذا المشروع جرى الانتهاء من إزالة طبقات الرديم التى علت جميع أسقف مباني الدير متسببة في إحداث خلل إنشائي ومخفية القباب المميزة لتلك المباني، تبع ذلك تطبيق مواد خفيفة عازلة للمياه والحرارة على هذه الأسقف.                                                                                                                                                                                           وقد توقف العمل في هذا المشروع في 23 سبتمبر 2017م لعدم وجود الدعم المالي الكافي.