يقع دير الأنبا أنطونيوس عند سفح جبل القلزم بسلسلة جبال الجلالة القبلية بالبحر الأحمر، وقد أَنشأه الأنبا أنطونيوس مؤسس الرهبنة القبطية في نهاية القرن الرابع الميلادي عند العين التي كان يشرب منها وقرب المغارة التي عاش فيها، وقد تبع ذلك انتشار نظام الرهبنة في العالم المسيحي كله.
يعتبر هذا الدير أول دير أُنشأ للرهبنة في العالم، وهو أكبر الأديرة بعد دير سانت كاترين بسيناء؛ إذ تبلغ مساحته حوالي ١٨ فداناً، ويحيط بالدير القديم أسوار ضخمة من الحجر، ويقع مدخل الدير الرئيسي في منتصف السور الشمالي تقريبًا، وأقدم مباني الدير هي كنيسة الأنبا أنطونيوس التي تعود إلى القرن التاسع أو الثالث عشر الميلادي.
ومن أشهر وأروع عناصر الدير مغارة القديس أنطونيوس التي تقع فوق الجبل؛ وهي عبارة عن سرداب ضيق طوله سبعة أمتار ينتهي بحجرة صغيرة عاش فيها القديس معظم حياته.
ويضم الدير مجموعة كنائس أخرى عرفت باسم الأربعة مخلوقات غير المتجسدة، وكنيسة الرسل، وكنيسة السيدة العذراء، وكنيسة القديس مرقص التي قد تعود إلى القرن الثامن عشر والتاسع عشر الميلادي، هذا بالإضافة إلى حصن يتكون من دور أرضي وثلاثة طوابق، ويتم الوصول إليه عن طريق كوبري علوي يمتد ما بين الحصن والمبنى المجاور له، ويحتوي الحصن على بئر وحجرات تستخدم لأغراض مختلفة وبه أيضًا كنيسة صغيرة مكرسة على اسم الملاك ميخائيل.
كذلك تضم أسوار الدير مكتبة وبعض المباني الأخرى مثل الاستراحة والقلالي، أما خارج السور القديم فيوجد بعض المباني الحديثة مثل استراحات لمبيت الزوار، وبيت الخلوة، وقصر لاستراحة الأجانب، ومخازن، ومكتبة.