تتبع منطقة آثار الخارجة قطاع الآثار الإسلامية والقبطية التابع لوزارة الآثار وهي تضم مجموعة من المناطق الأثرية الإسلامية والقبطية يبلغ عددها إجمالاً 10 مناطق تقريبًا وهناك واحدة منهم فقط هي
المفتوحة للزيارة وهي منطقة البجوات الأثرية .
تقع جبانة البجوات في شمال مدينة الخارجة وتحتل المنحدرات الجنوبية من جبل الطير وهي تعد الجبانة الرئيسية في الواحات الخارجة في العصور القديمة واستمرت كذلك حتى الفترة القبطية التي استخدمت فيها
المدينة بقوة ويظهر ذلك جليا من جميع الشواهد المعمارية بالمنطقة، ويرجح تاريخها ما بين القرن الثاني الميلادي حتى نهاية القرن السابع الميلادي مع العلم بأنها أقدم من ذلك وسوف تثبت الدراسات المستقبلية ذلك
من خلال عمليات الكشف المحيطة بالمنطقة.وهي تتكون من 263 مزار ذات طرز معمارية مختلفة ومميزة يظهر بمجموعة منها بوضوح مهارة الفنان في تصوير مجموعة من موضوعات الكتاب المقدس على أسقفها
بطريقة الفريسكو. كما تضم المنطقة ضمن مزاراتها كنيسة تعد ثاني أقدم كنيسة بازيليكية في مصر ككل.والمنطقة تشهد إقبالاً من السائحين والمهتمين بمجال الآثار إضافة لكونها مقصد لأهالي المدينة في
المناسبات والأعياد.
أما باقى المناطق كما ذكر سالفا غير مفتوحة للزيارة وهى :
منطقة عين سعف
أبراج المراقبة
منطقة عين جلال
منطقة عين شفلة
منطقة عين بشيو
طابية الدراويش
منطقة عين الدار
منطقة أبو شعيب الدخاخين
منطقة شمس الدين
منطقة جبل طفنيس